ちょっと、そこ！微生物データ分析サービスのプロバイダーとして、微生物データに適したシーケンスプラットフォームを選択することに関して、私はその厚い状態にいました。これは、研究または分析プロジェクトを作成または壊すことができる重要な決定です。それでは、この選択をする際に考慮すべき要因に飛び込もう。
料金
明らかなものから始めましょう：コスト。シーケンスは高価になる可能性があり、価格はプラットフォームによって大きく異なる場合があります。シーケンスマシン自体の価格など、前払いコストについて考える必要があります。いくつかのプラットフォームはかなり予算があります - フレンドリーで、他のプラットフォームは高く、多額の価格を持っています。
その後、継続的なコストがあります。これには、シーケンスプロセスで使用される試薬などが含まれます。一部のプラットフォームでは、より高価な試薬を使用しています。また、データストレージと分析のコストを考慮する必要があります。 High -Slut Sequencingは大量のデータを生成し、それを保存して分析することにコストがかかります。
予算が厳しい小規模なラボまたはプロジェクトの場合、コストが決定的な要素であることがよくあります。しかし、プラットフォームがより効率的で安価な試薬が必要な場合、長期的にもう少し前もって支払うことでお金を節約できる場合があります。
スループット
スループットとは、シーケンスプラットフォームが特定の時間で生成できるデータの量を指します。数百または数千の微生物サンプルのゲノムをシーケンスするなど、大規模なプロジェクトに取り組んでいる場合、高いスループットを備えたプラットフォームが必要です。
High -Slutputプラットフォームは、複数のサンプルを同時に処理でき、時間とお金を節約できます。一方、一度に少数のサンプルしか作業していない場合、より低いスループットプラットフォームで十分かもしれません。それは安価であり、管理が簡単かもしれません。
たとえば、aを使用している場合微生物成長曲線アナライザー少数の微生物株の成長を研究するには、超高スループットシーケンスプラットフォームを必要としないかもしれません。
長さを読みます
読み取り長はもう1つの重要な要素です。シーケンスプラットフォームがすぐに読み取ることができるのは、DNAまたはRNAフラグメントの長さです。長い読み取り長は、特定の種類の分析に非常に役立ちます。
たとえば、完全な微生物ゲノムを組み立てようとしている場合、読み取りの長さが長くなると、ギャップを埋めて、より正確な絵を撮ることができます。また、ゲノムの構造的変動を検出するためにも優れている可能性があります。
ただし、読み取り長が長いプラットフォームは、スループットが低く、より高価になることがあります。したがって、長い読み取りのニーズのバランスをとる必要があります。コストやスループットなど、他の要件と同じです。
正確さ
微生物データ分析に関しては、精度が重要です。選択したシーケンスプラットフォームが信頼できる正確な結果を提供できることを確認する必要があります。
一部のプラットフォームは高精度で知られていますが、他のプラットフォームはエラー率が高い場合があります。高精度プラットフォームは、微生物集団の進化を研究したり、特定の遺伝子を特定したりするなど、正確な遺伝情報を必要とする研究を行っている場合に特に重要です。
サンプルの品質や使用されるデータ分析方法など、精度は他の要因の影響を受ける可能性があることに注意してください。しかし、優れたシーケンスプラットフォームは、正確な結果のための強固な基盤です。
使いやすさ
それに直面しましょう、誰もがシーケンシングの専門家ではありません。したがって、シーケンスプラットフォームの使いやすさは大したことです。操作と保守が簡単なプラットフォームは、多くの頭痛を節約できます。
ユーザーに付属のプラットフォームを探してください - フレンドリーなソフトウェアと明確な指示。一部のプラットフォームでは、トレーニングやサポートも提供しています。これは、シーケンスを初めて使用する場合に非常に役立ちます。
ラボに経験豊富なユーザーと初心者のユーザーが混在している場合、プラットフォームを簡単に使用することで、誰もがシーケンスプロセスに貢献できるようにします。
既存の機器との互換性
ラボにはすでに微生物分析用の機器がある場合は、互換性のあるシーケンスプラットフォームを選択する必要があります。これにより、新しい機器の購入でお金を節約し、既存のワークフローにシーケンスを統合しやすくすることができます。
たとえば、Anを使用している場合自動微生物成長曲線アナライザー、アナライザーによって生成されたデータでシームレスに動作できるシーケンスプラットフォームが必要になる場合があります。
データ分析機能
シーケンスデータを取得したら、分析できる必要があります。さまざまなシーケンスプラットフォームには、さまざまなデータ分析ツールが付属しています。
一部のプラットフォームは、読み取りの調整や遺伝子の識別など、基本的な分析を実行できるソフトウェアで構築されています。その他は、3番目のパーティーソフトウェアを使用する必要がある場合があります。
データ分析のニーズについて考えてください。ラボにバイオインフォマティクスチームがある場合、3番目のパーティーツールで複雑な分析を処理できる可能性があります。しかし、あなたが多くのバイオインフォマティクスのサポートを持たない小さなラボである場合、分析ツールで簡単に使用する - 使用することができるプラットフォームがより良い選択かもしれません。
コミュニティサポート
シーケンスコミュニティは素晴らしいリソースになる可能性があります。大規模でアクティブなユーザーコミュニティがあるプラットフォームを探してください。これは、経験を共有し、問題をトラブルシューティングし、アドバイスを提供できる人がもっといることを意味します。
同じプラットフォームの他のユーザーとつながることができるオンラインフォーラム、会議、ワークショップを見つけることができます。これは、特にシーケンスプロセス中に問題が発生した場合に非常に役立ちます。
ベンダーの評判
ベンダーの評判も重要です。高品質の製品とサービスを提供するという優れた実績を持つ会社と協力したいと考えています。
他のユーザーからのレビューと証言を探してください。ベンダーが技術サポートやメンテナンスサービスなど、優れたカスタマーサポートを提供しているかどうかを確認してください。信頼できるベンダーは、シーケンスプロジェクトの長期的な成功に大きな違いをもたらすことができます。
将来 - プルーフ
最後に、あなたは未来について考えたいと思っています。テクノロジーは常に進化しており、数年後に時代遅れになるシーケンシングプラットフォームに投資したくありません。
積極的に開発および更新されているプラットフォームを探してください。研究開発にコミットしているベンダーは、時間の経過とともに新しい機能と改善を提供する可能性が高くなります。これにより、シーケンスプラットフォームが今後数年間関連性が高く役立つことが保証されます。
結論として、微生物データ分析のための適切なシーケンスプラットフォームを選択することは、複数の要因を慎重に検討する必要がある複雑な決定です。これらの要因を評価するために時間をかけることで、研究または分析プロジェクトのニーズを満たす情報に基づいた選択をすることができます。
当社の微生物データ分析サービスについて詳しく知りたい場合や、適切なシーケンシングプラットフォームの選択に役立つ場合は、手を差し伸べることをためらわないでください。私たちはあなたの方法のあらゆる段階を支援し、あなたがあなたの微生物データを最大限に活用するのを助けるためにここにいます。
参照
- Metzker、ML（2010）。シーケンステクノロジー - 次世代。 Nature Reviews Genetics、11（1）、31-46。
- Goodwin、S.、McPherson、JD、＆McCombie、WR（2016）。年齢の到来：次の10年間 - 世代シーケンステクノロジー。 Nature Reviews Genetics、17（6）、333-351。
